Pengurusan Masjid Al-Azhar UIS ditadbir oleh lapan kakitangan seperti masjid-masjid yang lain. Jawatankuasa yang mentadbir Masjid Al-Azhar UIS ini terdiri daripada beberapa orang pegawai iaitu Imam (I, II, III dan IV), Bilal (I dan II) dan juga Siak (I dan II).

• Ketua pegawai syarak di dalam qariah atau kampung.

• Ketua Amil Zakat.

• Merupakan Imam sembahyang fardhu Jumaat, sembahyang sunat dua hari raya, sembahyang sunat terawih di bulan Ramadhan.

• Mengetuai majlis-majlis kenduri arwah, tahlil dan seumpamanya.

• Menjadi juruazan dalam sembahyang fardhu dan solat sunat.

• Mengetuai urusan-urusan jenazah.

• Merupakan salah seorang Amil Zakat.

• Menjadi pembantu dan pengganti kepada Imam apabila ketiadaan Imam.

• Menjaga harta benda dan kebersihan masjid

• Menyediakan segala keperluan sebelum beribadah, majlis dan seumpamanya.

• Menjadi salah seorang Amil Zakat.

Perlantikan jawatankuasa ini dibuat melalui sistem syura seterusnya dibawa ke sidang Majlis Jawatankuasa Masjid untuk dinilai tahap kriteria yang menepati syarak untuk mentadbir masjid yang menjadi médium dakwah Islamiah dari semasa ke semasa.

Maka, jelas bahawa Jawatankuasa Masjid berperanan besar dalam membimbing masyarakat ke arah kebaikan. Namun apa yang berlaku kini, pemilihan Jawatankuasa Masjid telah dijadikan isu politik. Orang-orang berpengaruh atau berkuasa yang campurtangan dalam soal pemilihan jawatankuasa. Fenomena ini, telah mencetuskan implikasi yang tidak sihat. Maka, keadaan ini perlu dibaiki dan sebolehnya ditepis oleh mana-mana masjid bagi mengembalikan peranan sebenar masjid yang dinamik dalam membimbing ummah ke arah kecemerlangan.